Deus Ex: Human Revolution erzählt die Geschichte von Adam Jensen, einem Mann, der gegen seinen Willen kybernetisch augmentiert wurde und sich selbst mitten in einer globalen Verschwörung wiederfindet, in der er selbst eine der Schlüsselrollen spielt.
Jensen hatte als Sicherheitsexperte die Aufgabe, eine Firma für biomechanische Implantate zu schützen. Nachdem ein Terroristen-Team in die Entwicklungsräume eindrang und alle Forscher tötete - der Protagonist verlor dabei beide Arme, einige Organe und seine Freundin - begibt er sich mithilfe neuer Science-Fiction-Prothesen auf einen Rachefeldzug.